Словосочетание "в том числе" обозначает, что предмет является частью чего-либо. То есть, студенты, изучающие инженерные специальности, изучают в том числе и физику, и математику. И степень по физике и математике они получают в том числе. То есть, вместе с чем-то еще.
Если бы армии так позарез нужны были выпускники первых степеней по голой физике и математике, (а не в том числе) наверняка существовала бы хотя бы одна пристижная армейская программа, этих выпускников готовящая.
Так понятнее?